部分通讯作者论文

1. Leumi, S., Guo, M., Lu, J., Wang, Z., Gan, T., Han, L., Ngari, J., Tong, Y., Xiang. X., Xie, Q., Wang, L., Zhong, J. (2022) Identification of a novel replication-competent hepatitis C virus variant that confers the sofosbuvir resistance. Antiviral Research, 197, 105224.

2. Yu, T. *, Yang, Q. *, Tian, F. *, Chang, H., Hu, Z., Yu, B., Han, L., Xing, QY., Jiu, Y., He, Y. Zhong, J. (2021) Glycometabolism regulates hepatitis C virus release. PLOS Pathogens. 17(7):e1009746. doi.org/10.1371/journal.ppat.1009746

3. Leumi, S., El Kassas, M., Zhong, J.  (2021) Hepatitis C virus genotype 4: A poorly characterized endemic genotype. J. Med. Virol. 93(11):6079-6088. doi: 10.1002/jmv.27165.

4. Gan, T.*, Zhou, D. *, Huang, Y. *, Xiao, S., Ma, Z., Hu, X., Tong, Y., Yan, H. and Zhong, J. (2021) Development of a new reverse genetics system for Ebola virus. mSphere. 6, e00235-21. doi: 10.1128/mSphere.00235-21. (*contributed equally)

5. He, Z.*, Ye, S. *, Xing, Y., Jiu, Y. and Zhong, J. (2021) UNC93B1 curbs cytosolic DNA signaling by promoting STING degradation. European Journal of Immunology. 51(7):1672-1685. doi: 10.1002/eji.202048901. (*contributed equally)

6. Tong, Y.*, Shi, G. *, Hu, G., Hu, X., Han, L., Xie, X., Xu, Y., Zhang, R., Sun, J. and Zhong, J. (2021) Photo-catalyzed TiO2 inactivates pathogenic viruses by attacking viral genome. Chemical Engineering Journal, 414, 1287. doi: 10.1016/j.cej.2021.128788. (*contributed equally).

7. Liang, Y. *, Zhang, G. *, Li, Q. *, Han, L., Hu, X., Guo, Y., Tao, W., Zhao, X., Guo, M., Gan, T., Tong, Y., Xu, Y., Zhou, Z., Ding, Q., Wei, W. and Zhong, J. (2021) TRIM26 is a critical host factor for HCV replication and contributes to host tropism. Science Advances, 7, eabd9732. doi: 10.1126/sciadv.abd9732. (*contributed equally)

8. Tong, Y., Li, Q., Li, R., Xu, Y., Pan, Y., Niu, J., *Zhong, J., (2020) A novel approach to display structural proteins of HCV quasispecies in patients reveals a key role of E2 HVR1 in viral evolution. J. Virology, 94(17):e00622-20. doi: 10.1128/JVI.00622-20.

9. Guo, M., Ye, L., Yu, T., Han, L., Li, Q., Lou, P., Gan, T.,  Jin, X., Xiao, H., Meng, G., *Zhong, J., Xu, Y. (2020) IL-1β enhances anti-viral effect of IFN-α on HCV replication by negatively modulating ERK2 activation. ACS Infect Dis. 10;6(7):1708-1718. doi: 10.1021/acsinfecdis.9b00506.  (*co-corresponding author)

10. Yi, C., Xia, J., He, L., Ling, Z., Wang, X., Yan, Y., Wang, J., Zhao, X., Fan, W., Sun, X., Zhang, R., Ye, S., Zhang, R., Xu, Y., Ma, L., Zhang, Y., Zhou, H., Huang, Z., Niu, J., Long, G., Lu, J., *Zhong, J., Sun, B. (2020) Junctional and somatic hypermutation-induced CX4C motif is critical for the recognition of a highly conserved epitope on HCV E2 by a human broadly neutralizing antibody. Cell Mol Immunol.  doi: 10.1038/s41423-020-0403-1. (*co-corresponding author)

11. Yang, J., Xu, Y., Yan, Y., Li, W., Zhao, L., Dai, Q., Li, Y., Li, S., *Zhong, J., Cao, R., Zhong, W. (2020) Small Molecule Inhibitor of ATPase Activity of HSP70 as a Broad-Spectrum Inhibitor against Flavivirus Infections. ACS Infect Dis. 6(5):832-843. doi: 10.1021/acsinfecdis.9b00376. (*co-corresponding author).

12. Guo, M., Lu, J., Gan, T., Xiang. X., Xu, Y., Xie, Q. and Zhong, J. (2019) Construction and characterization of Genotype-3 hepatitis C virus replicon revealed critical genotype-3-specific polymorphism for drug resistance and viral fitness. Antiviral Research, 171, 104612. doi: 10.1016/j.antiviral.2019.104612.

13. *Yan, Y., *Wang, X., Lou, P., Hu, Z., Qu, P., Li, D., Li, Q., Xu, Y., Niu, J., He, Y., #Zhong, J., Huang, Z. (2020) A nanoparticle-based HCV vaccine with enhanced potency. J. Infectious Diseases, 221(8):1304-1314. doi: 10.1093/infdis/jiz228. (*The first two authors contributed equally; # co-corresponding author).

14. Zhao, Y., Cao, X., Guo, M., Wang, X., Yu, T., Ye. L., Han, L., Hei, L., Tao. W., Tong Y., Xu, Y. and Zhong, J. (2018) Neuralized E3 Ubiquitin Protein Ligase 3 is an inducible antiviral effector to inhibit HCV assembly by targeting viral E1 glycoprotein. J. Virology, 92(21). pii: e01123-18. doi: 10.1128/JVI.01123-18. JVI spotlight.

15. Tong, Y., Lavillette, D., Li, Q. and Zhong, J. (2018) Role of hepatitis c virus envelope glycoprotein E1 in virus entry and assembly. Front. Immunol. 9:1411. doi: 10.3389/fimmu.2018.01411

16. Liang, Y., Cao, X., Ding, Q., Zhao, Y., He, Z., Zhong, J. (2018) Hepatitis C virus NS4B induces the degradation of TRIF to inhibit TLR3-mediated interferon signaling pathway. PLOS Pathogens. 14(5):e1007075. doi: 10.1371/journal.ppat.1007075.

17. Li, Q., Tong Y., Xu, Y., Niu, J., Zhong, J. (2018) Genetic Analysis of Serum-derived Defective Hepatitis C Virus Genomes Revealed Novel Viral Cis-Elements for Virus Replication and Assembly. J. Virology, 92(7). pii: e02182-17. doi: 10.1128/JVI.02182-17.

18. *Wang, X., *Yan, Y., Gan, T., Yang, X., Li, D., Zhou, D., Sun, Q., Huang, Z., Zhong, J. (2019) A trivalent HCV vaccine elicits broad and synergistic polyclonal antibody response in mice and rhesus monkey. Gut, 68(1):140-149. doi: 10.1136/gutjnl-2017-314870. Epub 2017 Nov 27 (*The first two authors contributed equally).

19. *Tao, W., *Gan T., Guo, M., Xu, Y., Zhong, J. (2017) Novel Stable Ebola Virus Minigenome Replicon Reveals Remarkable Stability of the Viral Genome. J. Virology, 91: 22 e01316-17 (*The first two authors contributed equally). doi: 10.1128/JVI.01316-17. JVI spotlight.

20. Li, D., Wang, X., von Schaewen, M., Tao, W., Zhang, Y., Heller, B., Hrebikova, G., Deng, Q., Sun, Q., ^#Ploss, A., ^#Zhong, J., ^#Huang, Z. (2017) Immunization with a subunit hepatitis C virus vaccine elicits pan-genotypic neutralizing antibodies and intra-hepatic T-cell responses in non-human primates. J. Infectious Diseases, 215(12):1824-1831 (^#corresponding author).

21. *Cao, R., *Xu, Y., Zhang, T., Yang, J., Yuan, Y., Hao, P., Shi, Y., ^#Zhong, J., ^#Zhong, W. (2017) Pediatric drug nitazoxanide: a potential choice for control of Zika. Open Forum Infectious Diseases, 4(1):ofx009 (*The first two authors contributed equally; ^#corresponding author).

22. Tong, Y., Chi, X., Yang, W., Zhong, J. (2017) Functional analysis of HCV envelope protein E1 using a trans-complementation system reveals a dual role of a putative fusion peptide of E1 in both HCV entry and morphogenesis. J. Virology, 91:7 16 e02468-16

23. Hei, L. and Zhong, J. (2017) LGP2 plays an essential role in HCV infection-induced interferon responses. Hepatology, 65(5):1478-1491.

24. *Yan, Y., *He, Y., Boson, B., Wang, X., Cosset, F.L., Zhong, J. (2017) A point mutation in the N-terminal amphiphathic helix α0 in NS3 promotes HCV assembly by altering core localization to ER and facilitating virus budding. J. Virology, 91(6). pii: e02399-16 (*The first two authors contributed equally).

25. *Tao, W., *Gan T., Lu, J., Zhong, J. (2017) A Profiling Study of a Newly Developed HCVcc Strain PR63cc’s Sensitivity to Direct-acting Antivirals. Antiviral Research, 139:18-24 (*The first two authors contributed equally).

26. Li, D., von Schaewen, M., Wang, X., Tao, W., Zhang, Y., Li, L., Heller, B., Hrebikova, G., Deng, Q., ^#Ploss, A., ^#Zhong, J., ^#Huang, Z. (2016) Altered glycosylation patterns increase immunogenicity of a subunit HCV vaccine inducing neutralizing antibodies which confer protection in mice. J. Virology, 90:10486-10498 (^#corresponding author).

27. Xu, Y., and Zhong, J. (2016) Innate immunity against hepatitis C virus. Current Opinion in Immunology. 42:98-104.

28. Li, D., Huang, Z. and Zhong, J. (2015) Hepatitis C virus vaccine development: old challenges and new opportunities. National Science Review, 2 (3): 285.

29. Xiang, Y., Tang, J., Tao, W., Cao, X., Song, B. and Zhong, J. (2015) Identification of cholesterol-25-hydroxylase as a novel host restriction factor as a part of primary innate immune responses against hepatitis C virus infection. J. Virology, 89:6805–6816.

30. *Cao, X., *Ding, Q., Lu J., Tao, W., Huang, B., Zhao, Y., Niu, J., Liu, Y.J. and Zhong, J. (2015) MDA5 Plays a Critical Role in Interferon Response during Hepatitis C Virus Infection. J. Hepatology. 62:771–778 (*The first two authors contributed equally) .

31. *Chen, W., *Xu, Y., Li, H., Tao, W., Xiang, Y., Huang, B., Niu, J., ^#Zhong, J. and ^#Meng, G. (2014) HCV Genomic RNA Activates the NLRP3 Inflammasome in Human Myeloid Cells. PLoS One, 9(1):e84953 (*The first two authors contributed equally; ^#corresponding author).

32. Lu, J., Xiang, Y., Tao, W., Li, Q., Wang, N., Gao, Y., Xiang, X., Xie, Q., and Zhong, J. (2014)  A novel strategy to develop robust infectious hepatitis C virus cell culture system directly from a clinical isolate. J. Virology, 88, 1484-1491.

33. *Xu, Y., *Li, H., Chen, W., Yao, X., Xing, Y., Wang, X., ^#Zhong, J. and ^#Meng, G. (2013) Mycoplasma hyorhinis Activates the NLRP3 Inflammasome and Promotes Migration and Invasion of Gastric Cancer Cells. PLoS One, 8(11): e77955 (*The first two authors contributed equally; ^#corresponding author).

34. *Qi, Y., *Xiang, Y., Wang, J., Qi, Y., Li, J., ^#Niu, J., and ^#Zhong, J. (2013) Inhibition of Hepatitis C Virus Infection by Polyoxometalates. Antiviral Research, 100(2), 392-398 (*The first two authors contributed equally; ^#corresponding author).

35. Lu, J., Tao, W., Li, R., Xiang, Y., Zhang, N., Xiang, X., ^#Xie, Q., and ^#Zhong, J. (2013) Construction and characterization of infectious hepatitis C virus chimera containing structural proteins directly from genotype 1b clinical isolates. Virology, 443(1), 80-88 (^#corresponding author).

36. *Ding, Q., *Cao, X., Lu J., Huang, B., Liu, Y.J., Kato, N., Shu, H., and Zhong, J. (2013) Hepatitis C virus NS4B blocks the interaction of STING and TBK1 to evade host innate immunity. J. Hepatology. 59(1):52-58 (*The first two authors contributed equally).

37. Kang, X., Chen, X., He, Y., Guo, D., Guo, L., ^#Zhong, J., ^#Shu, H. (2013) DDB1 is a cellular substrate of NS3/4A protease and required for hepatitis C virus. Virology, 435(2), 385-394 (^#corresponding author).

38. Ding, Q., Huang, B., Lu, J., Liu, Y.J., and Zhong, J. (2012) Hepatitis C virus NS3/4A protease blocks IL-28 production. European J. Immunology, 42, 2374-82.

39. He, Y., Weng, L., Li, R., Li, L., Toyoda, T., and Zhong, J. (2012) The N-terminal helix a₀ of hepatitis C virus NS3 protein dictates the subcellular localization and stability of NS3/NS4A complex. Virology, 422, 214-223.

40. Li, R., Qin, Y., He, Y., Tao, W., Zhang, N., Tsai, C., Zhou, P., Zhong, J. (2011) Production of hepatitis C virus lacking the envelope-encoding genes for single-cycle infection by providing homologous envelope proteins or vesicular stomatitis virus glycoproteins in trans. J.Virology,85, 2138-2147.

41. Xiang, X., Lu, J., Dong, Z., Zhou, H., Tao, W., Guo, Q., Zhou, X., ^#Xie, Q., ^#Zhong, J. (2011) Viral Sequence Evolution in Chinese Genotype 1b Chronic Hepatitis C Patients Experiencing Unsuccessful Interferon Treatment. Infect. Genet. Evol., 11, 382-390 (^#corresponding author).

42. Tao, W., Xu, C., Ding, Q., Li, R., Xiang, Y., Chung, J., and Zhong, J. (2009) A Single Point Mutation in E2 Enhances Hepatitis C Virus Infectivity and Alters Lipoprotein Association of Viral Particles. Virology, 395, 67–76.

2022年

阐明了HCV针对索非布韦的耐药机制

尽管已经在 HCV直接抗病毒药物 (DAA) 的研发成功，但由于目前缺乏有效的预防性疫苗以及病毒亚基因组中耐药性突变位点的出现，彻底消灭这种病毒性流行病仍然任重而道远。索非布韦(Sofosbuvir, SOF) 是一种靶向病毒 RNA 依赖性 RNA 聚合酶 (RdRp) NS5B 的核苷酸类似物，是许多治疗方案中的关键组分。已有报道NS5B-S282T是SOF 的主要耐药相关替换性突变 (RAS)，但该RAS同时会严重损害病毒的适应能力，因此这种突变在临床分离株中很少见。基因1型（GT1） 是世界范围内的一种主要的 HCV 基因型，在本项研究中我们使用了来自HCV GT1b 患者 PR52 血清中的准种群体来选择复制效率最佳的克隆，构建了复制子细胞（PR52D4）。为了获得 SOF 抗性复制子细胞，PR52D4 复制子细胞在SOF 和G418 处理的情况下培养 12 周。筛选出的细胞比亲本细胞对 SOF 表现出更强的抵抗力，同时保持了良好的病毒复制水平。测序结果表明，复制子细胞各有两个的 突变，PR52D4复制子细胞NS5B上获得 K74R 和 S282T突变。反向遗传学分析表明，虽然具有任意单一突变的 PR52D4 无法复制，但同时具有K74R+S282T 双突变的 PR52D4不但能够有效复制，还具有SOF 抗性。 重要的是，K74R 突变还可以挽救另一个 GT1b 复制子 Con1 中S282T引起的复制缺陷，在GT2a复制子JFH1中也是如此。 结构模型分析表明，K74R 可能与 HCV 聚合酶活性位点中的 Y296 相互作用来帮助稳定S282T。我们的研究结果对临床上选择合适的DAA治疗方案具有一定的指导意义。（Leumi, et al., Antiviral Research, 2022）

2021年

1）发现病毒利用宿主糖代谢改变传播途径实现免疫逃逸的新机制

基于人肝癌细胞系Huh7建立的HCV细胞培养模型为研究HCV感染周期提供了帮助。然而，由于代谢重编程的存在，肿瘤细胞即使在有氧条件下，仍然使用糖酵解作为主要的能量来源，而不像正常体细胞那样主要使用氧化磷酸化来供能，这种现象叫做“瓦博格效应”。将培养基中的糖源从葡萄糖换为半乳糖，可以逆转体外培养肿瘤细胞的瓦博格效应。

我们发现将Huh7细胞培养在以半乳糖作为糖源的培养基中，可以显著抑制HCV病毒粒子的释放，大量的病毒粒子聚集在细胞内的多泡体内而无法释放到细胞外。阻断多泡体与溶酶体的融合或使用促炎细胞因子处理可以在一定程度上恢复半乳糖培养条件下HCV的释放。MAPK-p38通路在宿主细胞糖代谢对HCV释放的调控中发挥了重要的作用。

我们研究还发现HCV在细胞与细胞间直接传播并不受宿主细胞糖代谢的影响。科研人员提出猜想，HCV在病人体内可能主要以细胞与细胞间直接传播为主，而不是通过释放到细胞外和血液中以感染邻近的细胞，并以此逃逸抗体的中和作用和宿主的免疫监视，这可能是HCV建立慢性持续感染的重要机制。为深入理解细胞糖代谢与HCV释放的相互关系以及HCV自然感染过程提出了新的见解。（Yu, et al., PLOS Pathogens , 2021）

2）新型埃博拉病毒反向遗传学系统的研制

埃博拉病毒（EBOV）是一种负链RNA病毒，能够导致严重的出血热。EBOV的基因组反式互补系统是一种能够在生物安全4级乃至2级的实验室中进行EBOV研究的重要手段。传统的EBOV亚基因组模型建立需要对病毒复制转录所需的几种蛋白的表达质粒进行共转染，技术上存在一定困难并且难以大量扩增携带缺陷型基因组的病毒颗粒。

我们建立了一种新的反式互补系统，将病毒复制转录所必须的4个蛋白稳转进Huh7细胞中，构建了一种自身能够支持EBOV基因组复制转录的细胞系，因此只需在该细胞中转染病毒亚基因组 RNA即可建立感染，并且这种缺陷型病毒基因组在该细胞中能够表达GP、VP40和VP24，产生子代颗粒，实现完整的生命周期。我们进一步发现该系统同样可以用于全长病毒的拯救，并且在一定程度上克服毒株间的种属差异。总而言之，我们的工作为EBOV在不同生物安全级别下的研究提供了重要的工具。（Gan, et al., mSphere , 2021）

3）UNC93B1通过促进STING降解抑制胞浆DNA信号传导

UNC93B1（unc-93 homolog B1）是内体Toll样受体（TLRs）的运输伴侣，在TLR介导的天然免疫信号转导中起重要作用。本研究在小鼠和人细胞系中研究了UNC93B1在胞浆DNA诱导cGAS-STING信号通路中的作用。我们发现，虽然UNC93B1缺失减弱了双链RNA诱导的TLR3的信号转导，但增强了对胞浆DNA刺激和DNA病毒感染的天然免疫应答。机制研究表明，UNC93B1通过提高静息和胞浆DNA刺激条件下STING蛋白水平，而不是调控cGAS-STING-TBK1信号通路的其他分子，增强了DNA刺激的天然免疫应答。UNC93B1直接与STING相互结合并共同转运，这种相互作用的破坏导致STING蛋白的累积。本研究发现了UNC93B1负调控STING介导的信号反应，揭示了UNC93B1的新功能。（He, et al., European Journal of Immunology, 2021）

2020年

1）建立新型HCV反式互补细胞模型，可用于研究临床病毒准种 

HCV具有高度的变异性，慢性丙肝感染者体内存在大量病毒准种，这些准种可能与病毒免疫逃逸相关，但具体机制尚不明确；慢性丙肝感染者体内的HCV病毒如何进化/共进化的分子机制也不清楚。基于反式互补策略建立的缺失HCV整个结构基因（core，E1，E2）的单轮感染模型，称之为HCVΔS模型，通过该模型可以在体外展示包装出具有不同时间点的病毒准种的结构基因特征的且具有单轮感染力的HCV病毒，比较这些病毒对于中和抗体的耐受的差异，可以观察到病毒在中和抗体的存在条件下，中和表位位点发生变异的模式，从而开展HCV病毒分子进化分子机制的研究。我们利用HCV 2a亚型（GT2a）感染的病人临床血清样本，克隆到不同病毒准种的结构基因序列，通过反式互补策略包装出具备对应结构基因在特征的且具有单轮感染力病毒准种。为深入研究病毒准种多样性以及进化分子机制，我从编号为224^#的病人血清中克隆出约80条core-E2的不同的编码序列，通过比对分析，发现其可分为三个病毒亚群（subgroups）。在同一亚群中，病毒的E2蛋白的高变区1(HVR1)高度保守，从每个亚群中挑选2条代表序列，反式包装得到6种病毒准种，全面展示病毒准种的多样性，我们还观察到这些病毒准种对中和抗体具有不同的具有不同的耐受性。缺失或替换HVR1 病毒的对中和抗体耐受发生显著的改变，鉴定出具有耐受优势的HVR1序列，这些结果提示HVR1在病毒逃逸宿主中和抗体识别过程与病毒的进化过程中的发挥了关键的作用。此外，在高变区之外，我们也鉴定得到一些能影响中和抗体AR3A对病毒识别的新位点。通过使用HCVΔS系统在体外展示了的丰富的病毒准种多样性，展示的各病毒准种对中抗体有不同的耐受性，从而可制备一个具有丰富的病毒结构蛋白特征内涵的病毒样本库，可用于更全面评价HCV疫苗或HCV中和抗体的相关研究（Tong, et al., Journal of Virology , 2020）。

2）发现新的种属特异性丙肝病毒宿主因子

近年来开发的直接抗病毒药物（DAA）极大地提高了丙肝的治疗效率，但是由于缺乏疫苗，HCV的彻底清除仍然具有很大的挑战性。HCV动物感染模型对于丙肝疫苗研发至关重要。HCV只感染人和黑猩猩，但是由于伦理等问题，现在已经禁止使用黑猩猩作为模型动物。表达HCV受体分子的转基因小鼠能有限支持HCV感染，但由于缺少其它人源宿主因子，尤其是针对病毒进入细胞之后的关键步骤的宿主因子，该转基因小鼠模型在丙肝疫苗效价评价的应用上仍然非常有限。因此鉴定新的种属特异性HCV宿主因子对于HCV小动物感染模型的建立具有非常重要的意义。 

在本研究中，我们通过全基因组CRISPR/Cas9筛选首次发现E3泛素化连接酶TRIM26是HCV重要的宿主因子。实验结果显示TRIM26特异性地促进了HCV基因组的复制，而对于同属黄病毒科的其它病毒（如登革病毒和寨卡病毒）的复制没有作用。机制研究发现TRIM26与病毒编码的RNA依赖性RNA复制酶NS5B相互作用，催化NS5B蛋白的第51位赖氨酸发生K27连接的泛素化修饰，从而增强NS5B与病毒复制复合体中另外一个关键蛋白NS5A的结合，最终促进HCV基因组的复制。本研究还比较了不同宿主来源的TRIM26对于HCV复制的影响，发现人以及树鼩来源的TRIM26可以支持病毒的复制，但是小鼠来源的TRIM26不能支持HCV复制。序列分析发现与其它种属相比，鼠源TRIM26存在一段6个氨基酸的插入，删除掉该氨基酸插入序列的鼠源TRIM26可以部分恢复其与病毒NS5B的相互作用及帮助病毒基因组复制的功能。最后还发现在小鼠肝细胞中表达人源TRIM26可以显著增强HCV的感染效率。本研究不但发现了HCV新的宿主因子，进一步解析了HCV复制的分子机制，还为HCV小动物感染模型的建立提供了一个新的思路，具有重要的科学意义。（Liang, Zhang, Li, et al., Science Advances , 2021）。

2019年

1）新型基因型3型HCV复制子模型的建立及其抗病毒药物耐药性研究

丙型肝炎病毒（HCV）感染是引发慢性肝炎，肝硬化和肝癌的主要原因。尽管直接抗病毒药物（DAA）的临床使用极大地提高了HCV患者的治疗率，但是作为作用于高度变异的RNA病毒靶点的小分子药物，DAA的耐药问题是丙肝治疗的一个长期隐患，临床上发现部分基因型HCV对DAA治疗的应答率较差，如基因型3型、基因型4型的特殊亚型等。因此DAA药物耐药位点的鉴定及耐药机制的研究是HCV研究领域的一个重要挑战。

HCV体外感染模型和亚基因组复制子模型是研究HCV针对DAA耐药的重要工具，但这些研究染模型的建立并不容易，传统的基于病毒共有序列所建立的HCV细胞模型在研究临床耐药现象有较大的局限性。为解决这些难题，我们建立了一种利用功能性筛选从丙肝患者准种序列建立HCV复制子的新方法。利用该方法，我们从一例基因型3型HCV患者（编号PR87）血清扩增出的编码病毒非结构蛋白cDNA，构建含有多种病毒准种序列的重组HCV复制子cDNA文库。体外转录生成HCV复制子RNA电转入Huh 7.5.1-Sec14L2细胞， 通过G418筛选，建立起多株可以稳定复制HCV基因组的PR87复制子细胞。通过分析鉴定，我们发现PR87A7复制子细胞在若干细胞克隆中复制水平最高。接下来我们研究了PR87A7复制子的DAA药物抗性情况，发现其具有基因型3型所特异的NS3蛋白酶抑制性DAA的抗性表型。通过反向遗传学操作技术，我们发现NS3蛋白中168Q氨基酸是导致基因型3型HCV对NS3蛋白酶抑制性DAA抗性的关键原因。168Q氨基酸只存在于基因型3型HCV的NS3蛋白中，并不存在于其它基因型HCV的NS3蛋白中。我们的研究发现168Q的稳定存在需要基因型3型NS3中其他的氨基酸位点的协助，如123T氨基酸，而这些氨基酸残基也属于基因型3型特有的，在其它基因型NS3中并不存在。综上所述，我们建立了一种从丙肝患者准种序列建立HCV复制子的新方法，揭示了基因型3型HCV耐药的分子机制（Guo, et al., Antiviral Research , 2019）。

2）纳米颗粒丙肝疫苗的研发

全球约有7千万丙肝患者，是公共健康的重要问题之一。直接抗病毒药物（DAA）的研发大大提高了丙肝治愈率，但HCV感染慢性化率高且隐匿性强，高危人群有着较高的新发和重复感染率，因此预防性疫苗的研发对于有效控制HCV传播、彻底清除丙肝非常重要。然而，由于病毒的高变异性等多种因素，目前仍缺乏有效的HCV疫苗，HCV疫苗研发是本领域面临的最重要挑战和重大需求。

我们之前的研究表明，发现经过修饰的E2重组蛋白（sE2）免疫小鼠和恒河猴后可以有效诱导中和抗体及T细胞应答。在本项工作中，我们设计了一种融合蛋白(sE2-铁蛋白)，该蛋白在果蝇S2细胞内能自发组装成纳米颗粒。该纳米颗粒的表面展示了sE2，其sE2部分不仅具有接近自然的构象，而且相较于单独表达的sE2蛋白，融合蛋白与受体分子、中和抗体、丙肝患者血清中的HCV特异性多克隆抗体的结合力更好。小鼠免疫研究表明，sE2-铁蛋白纳米颗粒抗原比sE2抗原更加有效地诱导出广谱中和抗体。综上所述，以sE2-铁蛋白自组装的纳米颗粒候选疫苗，在免疫原性上优于以前开发的sE2疫苗，为HCV疫苗研发提供了新的可能性（Yan, Wang, et al., The Journal of Infectious Diseases , 2019）。

本实验室研究重要RNA病毒病原体的分子病毒学、细胞生物学、固有免疫应答以及抗病毒疫苗和药物的研发，主要研究对象包括丙型肝炎病毒（HCV）、埃博拉病毒（EBOV）、寨卡病毒（ZIKV）等。HCV能导致急性和慢性肝炎以及肝癌。近年来慢性丙肝的治疗研究有了很大的进展，但是由于缺乏丙肝疫苗，丙肝问题仍然威胁着人类的健康。HCV作为一个正链RNA模式病毒，遗传多样性高。其病毒颗粒与宿主来源的脂蛋白复合物高度关联，在其生命周期和宿主相互作用上具有鲜明的特点。EBOV和ZIKV是新发突发致病性RNA病毒，近年来多次引起全球或区域流行，给世界公共卫生健康造成较大的威胁。我们在分子及细胞水平上研究这些RNA病毒感染的生物学机制，阐明病毒学、免疫学和细胞生物学中重要的科学问题，找到更好的途径和手段来预防和治疗病毒感染。

实验室成员(Lab member)

副研究员：童一民 博士

研究助理：马子越

科研秘书：夏佳梦

国科大博士研究生：邢一帆、叶思超、田芳玲、胡逍悠、李林灿、吴天昊、JACKLINE WANGU NGARI

国科大硕士研究生：白旭

上科大硕士研究生：刘超仑、常钰

毕业研究生(Graduate student)

已毕业博士研究生：陶万银、何莹、李瑞、丁强、卢捷、曹学智、向禹、黑蕾、于涛、颜雨、李庆超、王雪松、赵亚楠、何振亮、郭明哲、甘天喻、梁轶莎、韩林、娄佩兰、STEVE LEUMI YATCHOUKEU、杨乾坤

已毕业硕士研究生：叶丽清、谢磊、田芳玲、胡逍悠、马子越

已毕业联合培养博士研究生：项晓刚、李大鹏

招生信息(admission information)

欢迎优秀的博士生毕业生来课题组做博士后。

欢迎优秀学生加入本团队攻读硕士和博士研究生。

欢迎大学二年级（含）以上同学进入实验室参与有关科研学术工作，或联系毕业设计等。