副研究员
姓名: 杨超 性别:
学历: 博士研究生
专家类别: 职称: 副研究员
所属部门: 病原菌定量基因组学研究组 学科类别: 微生物学
联系电话: 电子邮箱: cyang@ips.ac.cn
通讯地址: 上海市徐汇区岳阳路320号生命科学实验楼

个人简介:
 

杨超,博士,中国科学院上海巴斯德研究所副研究员(2021.10-至今)。本科和硕士毕业于中国海洋大学(2009-2015),博士毕业于军事科学院军事医学研究院微生物流行病研究所(2016-2019)。2019-2021年在深圳市疾病预防控制中心和南方医科大学进行博士后研究。主要从事微生物群群体遗传学与基因组流行病学研究。主持国家自然科学基金青年基金和中国博士后科学基金等3项课题。以(共同)第一/通讯作者在The ISME JournalElifeEmerging Infectious Diseases等国际知名期刊发表SCI论文10余篇。

 

研究方向:
   

在微生物群体遗传学领域,围绕遗传变异如何产生、发挥功能和进化等问题,基于全基因组测序(whole genome sequencing)和宏基因组测序(metagenomic sequencing)数据,拓展、开发新方法探索微生物种群分化和物种形成机制、基因间上位相互作用(epistasis)和病原体致病机制等,主要包括:

1)基于全基因组和宏基因组数据,重建高频重组细菌(副溶血弧菌、幽门螺杆菌等)的种群结构和进化历史,解析同源重组进化动力学规律,探索种群分化和物种形成机制;

2)开发全基因组上位相互作用研究方法(Genome-Wide Epistasis StudyGWES),解析微生物基因间相互作用模式;

3)拓展全基因组关联分析研究方法(Genome-Wide Association StudyGWAS),鉴定致病微生物相关遗传变异,探索微生物致病机制。

  

在基因组流行病学领域,结合群体遗传学理论方法,构建重要病原体的高质量全基因组数据库和分子分型体系,建立疾病暴发识别、确认和溯源方法,揭示病原体暴发和流行规律,从而为疾病防控提供指导,主要包括:

1)建立常见食源性病原体(致病弧菌、沙门氏菌和大肠杆菌等)的高质量基因组数据库和全基因组分型体系(SNPcgMLSTwgMLST);

2)开发基于Nanopore和宏基因组测序技术的疾病暴发快速识别、确认和溯源方法;

3)开发基于宏基因组测序技术的未知病原体检测方法;

4)应用群体遗传学理论方法重建病原体进化历史,揭示其起源、传播和流行等动态规律;

 

近年来发表的代表性文章如下:

1) Yang Chao#, Li Yinghui#, Zuo Le#, et al. Genomic Epidemiology and Antimicrobial Susceptibility Profile of Enterotoxigenic Escherichia coli From Outpatients With Diarrhea in Shenzhen, China, 2015–2020 [J]. Frontiers in Microbiology. 2021, 12:732068.

2) Chang Yuxiao#, Li Xiang#, Ding Lei#, Yang Chao#, et al. Genetic and Functional Differences of Escherichia coli Strains from Colorectal Cancer Mucosal Tissues[J]. Engineering, 2021.

3) Yang Chao#, Jiang Min#, Wang Xiaohui#, et al. Viral RNA level, serum antibody responses, and transmission risk in recovered COVID-19 patients with recurrent positive SARS-CoV-2 RNA test results: a population-based observational cohort study[J]. Emerging microbes & infections, 2020, 9(1): 2368-2378.

4) Jiang Min#, Zhu Feng#, Yang Chao#, et al. Whole-Genome Analysis of Salmonella enterica Serovar Enteritidis Isolates in Outbreak Linked to Online Food Delivery, Shenzhen, China, 2018[J]. Emerging Infectious Diseases, 2020, 26(4).

5) Cui Yujun#*, Yang Chao#, Qiu Hongliu#, et al. The landscape of coadaptation in Vibrio parahaemolyticus[J]. Elife, 2020, 9: e54136.5

6) Wang Haoqiu#, Yang Chao#*, Sun Zhou#, et al. Geno mic epidemiology of Vibrio cholerae reveals the regional and global spread of two epidemic non-toxigenic lineages, PLoS Neglected Tropical Diseases, 2020, 14(2): e0008046

7Yang Chao#, Pei Xiaoyan#, Wu Yarong, et al. Recent mixing of Vibrio parahaemolyticus populations [J]. The ISME journal, 2019, 13(10): 2578-88.

8Yang Chao, Zhang Xianglilan, Fan Hang, et al. Genetic diversity, virulence factors and farm-to-table spread pattern of Vibrio parahaemolyticus food-associated isolates [J]. Food microbiology, 2019, 84:103270.