专家人才库数据----中国科学院上海巴斯德研究所

副研究员

姓名:	Sarah Svensson	性别:	女
学历:	博士研究生
专家类别:		职称:	副研究员
所属部门:	病原菌定量基因组学研究组	学科类别:	微生物学
联系电话:	021-54923147	电子邮箱:	sarah.svensson@ips.ac.cn
通讯地址:	上海市徐汇区岳阳路320号生命科学实验楼(近肇嘉浜路)

个人简介：
Sarah在不列颠哥伦比亚大学（UBC，加拿大）取得博士学位，师从Erin Caynor教授，课题为空肠弯曲菌的基因调控和致病机制。在跟随 Julian Davies 教授完成博士后后，她在维尔茨堡大学（德国）与 Cynthia Sharma 教授合作，应用深度测序技术（RNA-seq、Tn-seq、Ribo-seq）研究ε-变形菌门中空肠弯曲菌和幽门螺杆菌的小 RNA 的调控机制、致病机制、和小蛋白质。她目前在IPS的病原菌定量基因组学研究组（PI：Daniel Falush）工作，同时也和微生物RNA系统生物学研究组（PI：晁彦杰）紧密合作。她的工作得到了德国科学基金会（DFG）和国家自然科学基金（RFIS-II，外国优秀青年学者研究基金）的资助。

个人简介：

Sarah在不列颠哥伦比亚大学（UBC，加拿大）取得博士学位，师从Erin Caynor教授，课题为空肠弯曲菌的基因调控和致病机制。在跟随 Julian Davies 教授完成博士后后，她在维尔茨堡大学（德国）与 Cynthia Sharma 教授合作，应用深度测序技术（RNA-seq、Tn-seq、Ribo-seq）研究ε-变形菌门中空肠弯曲菌和幽门螺杆菌的小 RNA 的调控机制、致病机制、和小蛋白质。她目前在IPS的病原菌定量基因组学研究组（PI：Daniel Falush）工作，同时也和微生物RNA系统生物学研究组（PI：晁彦杰）紧密合作。她的工作得到了德国科学基金会（DFG）和国家自然科学基金（RFIS-II，外国优秀青年学者研究基金）的资助。

研究方向：
不断发展的 SARS CoV-2 大流行提醒我们，我们必须了解微生物如何适应新的环境。在细菌中，典型毒力因子的获得通常不能完全解释流行菌株的出现。我的工作旨在利用各种天然细菌种群中存在的信息（现在可在大型基因组数据库中获得），以及大范围后基因组学方法（例如 RNA-seq、Ribo-seq, Tn-seq），以了解基因型如何影响适应性或毒力。作为模型，我选择了中国和世界范围内三种独特的主要胃肠道病原体：副溶血性弧菌、幽门螺杆菌和空肠弯曲菌。　　有证据表明，基因表达网络的重新布线在新致病菌株的进化中与新基因的获取同样重要。我的工作重点之一是剖析和比较RNA的转录后调控网络，并确定它们如何进化以引发新的表型。所谓的“适应性景观”，由共同适应的基因共同决定，也是复杂细菌表型（如毒力）的基础。我的目标是基于不同的适应性景观以及不同分离株的 RNA-seq，来识别与适应性和感染相关的表型以及导致它们被选择的特定环境。　　通过了解这些复杂的分子策略，我们可以了解细菌病原体如何感知和适应其环境。这将帮助我们确定病原菌的分子特征以设计对策，例如感染控制或抗菌剂。　　Selected publications: 　　1) Svensson SL & Y. Chao. 2022. RNase III-CLASH brings bacterial RNA networks into focus. Trends in Microbiology. 30):1125-1127. 　　2) Svensson SL & CM Sharma. 2022. Small RNAs that target G-rich sequences are generated by diverse biogenesis pathways in Epsilonproteobacteria. Molecular Microbiology. 117:215-233. 　　3) Svensson SL & CM Sharma. 2021. RNase III-mediated processing of a trans-acting bacterial sRNA and its cis-encoded antagonist. ELife. 10:e69064. 　　4) Venturini E, SL Svensson, S Maa？, R Gelhausen, F Eggenhofer, L Li, A K Cain, J Parkhill, D Becher, R Backofen, L Barquist, CM Sharma, AJ Westermann, J Vogel. 2020. A global data-driven census of Salmonella small proteins and their potential functions in bacterial virulence. microLife. 1:uqaa002. 　　5) Gelhausen R, SL Svensson, K Froschauer, F Heyl, L Hadjeras, CM Sharma, F Eggenhofer, R Backofen. HRIBO: high-throughput analysis of bacterial ribosome profiling data. Bioinformatics. 37:2061-2063.

研究方向：

不断发展的 SARS CoV-2 大流行提醒我们，我们必须了解微生物如何适应新的环境。在细菌中，典型毒力因子的获得通常不能完全解释流行菌株的出现。我的工作旨在利用各种天然细菌种群中存在的信息（现在可在大型基因组数据库中获得），以及大范围后基因组学方法（例如 RNA-seq、Ribo-seq, Tn-seq），以了解基因型如何影响适应性或毒力。作为模型，我选择了中国和世界范围内三种独特的主要胃肠道病原体：副溶血性弧菌、幽门螺杆菌和空肠弯曲菌。

　　有证据表明，基因表达网络的重新布线在新致病菌株的进化中与新基因的获取同样重要。我的工作重点之一是剖析和比较RNA的转录后调控网络，并确定它们如何进化以引发新的表型。所谓的“适应性景观”，由共同适应的基因共同决定，也是复杂细菌表型（如毒力）的基础。我的目标是基于不同的适应性景观以及不同分离株的 RNA-seq，来识别与适应性和感染相关的表型以及导致它们被选择的特定环境。

　　通过了解这些复杂的分子策略，我们可以了解细菌病原体如何感知和适应其环境。这将帮助我们确定病原菌的分子特征以设计对策，例如感染控制或抗菌剂。

　　Selected publications:

　　1) Svensson SL & Y. Chao. 2022. RNase III-CLASH brings bacterial RNA networks into focus. Trends in Microbiology. 30):1125-1127.

　　2) Svensson SL & CM Sharma. 2022. Small RNAs that target G-rich sequences are generated by diverse biogenesis pathways in Epsilonproteobacteria. Molecular Microbiology. 117:215-233.

　　3) Svensson SL & CM Sharma. 2021. RNase III-mediated processing of a trans-acting bacterial sRNA and its cis-encoded antagonist. ELife. 10:e69064.

　　4) Venturini E, SL Svensson, S Maa？, R Gelhausen, F Eggenhofer, L Li, A K Cain, J Parkhill, D Becher, R Backofen, L Barquist, CM Sharma, AJ Westermann, J Vogel. 2020. A global data-driven census of Salmonella small proteins and their potential functions in bacterial virulence. microLife. 1:uqaa002.

　　5) Gelhausen R, SL Svensson, K Froschauer, F Heyl, L Hadjeras, CM Sharma, F Eggenhofer, R Backofen. HRIBO: high-throughput analysis of bacterial ribosome profiling data. Bioinformatics. 37:2061-2063.